大悟芳畈镇中心初级中学的课程主要包括语文、数学、英语、物理、化学、生物、历史、地理和政治等基础学科。这些课程是初中阶段的标准课程设置，旨在为学生打下坚实的基础。
此外，学校还特别注重科学探究能力的培养。在化学课程中，科学探究是一个重要的实践活动，涉及提出问题、猜想与假设、制定计划、进行实验、收集证据、解释与结论、反思与评价、表达与交流等要素。通过这些活动，学生可以激发对化学学习的兴趣，增进对科学的理解，并初步形成科学探究能力。
在具体的教学实践中，例如在九年级化学课程中，学校会通过实验了解酸雨的危害，并介绍空气污染的防治方法，以增强学生的环境保护意识。